Nông nghiệp hữu cơ có những ưu điểm cơ bản sau:
Sản xuất của nông nghiệp hữu cơ không gây ô nhiễm môi trường đất, nước và không khí. Vì khi nông nghiệp hữu cơ không còn sử dụng phân bón vô cơ dễ tan như đạm, kali, thuốc hóa học bảo vệ thực vật, chất kích thích sinh trưởng có nguồn gốc vô cơ, thức ăn chăn nuôi giàu chất kích thích…thì sẽ không còn tàn dư từ các chất này tích đọng lại và sẽ không gây ô nhiễm môi trường.
Sản phẩm của nông nghiệp hữu cơ an toàn. Vì được sản xuất trong điều kiện gần với tự nhiên nên cây trồng, vật nuôi phát triển theo quy luật tự nhiên vốn có của nó, chính vì vậy mà sản phẩm tạo ra sẽ hoàn toàn theo đúng bản chất tự nhiên. Hàm lượng các kim loại nặng và nitrat trong sản phẩm sẽ nằm dưới mức cho phép, vì vậy nó không gây độc cho người sử dụng.
Sản xuất nông nghiệp hữu cơ đa dạng, khai thác tối đa nguồn gen bản địa, sử dụng tối đa các yếu tố kỹ thuật tự nhiên…sẽ làm cho cảnh quan đa dạng, sinh động và đẹp hơn.
Nông nghiệp hữu cơ cũng có những hạn chế sau:
Năng suất cây, con giảm hơn so với nông nghiệp thâm canh. Khi bắt đầu chuyển từ nông nghiệp thâm canh sang nông nghiệp hữu cơ thường làm giảm năng suất từ 20 – 30%. Tất nhiên, sau vài năm năng suất sẽ tăng lên, nhưng cũng không thể cao bằng nông nghiệp thâm canh.
Trong trồng trọt, nông nghiệp hữu cơ phụ thuộc lớn vào đất và thời tiết khí hậu. Cơ sở sinh dưỡng của cây trồng trong nông nghiệp hữu cơ là đất, vì vậy độ phì đất sẽ quyết định năng suất và chất lượng sản phẩm. Mặt khác, vì nông nghiệp hữu cơ là gần với tự nhiên, vì thế sự thay đổi khí hậu không theo quy luật sẽ làm ảnh hưởng mạnh mẽ đến cây trồng.
Không triệt để trong phòng chống sâu bệnh, dịch bệnh. Vì nông nghiệp hữu cơ chủ yếu là phòng sâu bệnh, dịch bệnh, chứ ít khi trị. Vì thế có thể có một số bệnh không thể loại trừ được.
Mẫu mã một số sản phẩm có thể không đẹp như của nông nghiệp thâm canh.
